Pengadilan Militer III-18 Ambon mempunyai wilayah hukum seluruh wilayah Provinsi Maluku dan Maluku Utara yang meliputi kedudukan satuan-satuan

- Kodam XVI/Pattimura beserta jajarannya,  

- Lantamal IX Ambon beserta jajarannya, Lanud Pattimura Ambon,

- Lanud Leo Wattimena Ternate beserta jajarannya,

- Lanud D. Dumatubun beserta jajarannya, dengan batas-batas wilayah sebagai berikut :

Sebelah Utara            :      Laut Pasifik

Sebelah Barat             :      Pulau Sulawesi

Sebelah Selatan         :      Pulau Banda

Sebelah Timur            :      Provinsi Papua

\